備忘録

Gene conversion のreview

Gene conversionのしくみ ①DSBR(Double strand break repair) model (図中a-b-d) 1.DSB(Double strand break)ができるDSBのできる要因  Meiosisではtopoisomerase like enzyme(SPO11)が関与  Mitosisではradiation(放射線照射), 停止した複製フォーク、あ…

DNA replication Fidelity: Kunkel 2000

分子進化を考える上でDNApolymeraseのFidelityや構造は重要だろう。特に今はインデルの起きる仕組みについて知りたい。 ・エラーの起きる率は酵素のクラスによってちがう。(校正のためのエキソヌクレアーゼ活性に応じて)(Family A, B, C : 10^-6~8) ・水を…

Estimating divergence times from molecular data (2)

遅くなりましたが。。 集団分岐におけるモデル Isolation model 祖先集団が二つの集団に分かれるとする。派生集団の間ではMigrationは起こらない。 4つのパラメータであらわせる θA 祖先集団の多型性 θ1 派生集団1の多型性 θ2 派生集団2の多型性 T 集団の…

Estimating population divergence time

1、Recent species and population divergences 分子データに基づく分岐年代推定に伴う問題と要因 まずよく知られているGene treeとSpecies treeの相違があげられる。(Incomplete lineage sortingによる)たとえGene treeとSpecies treeが一致しても、両者…