mac OSxでRcmdrというパッケージのインストールをしようとしてうまくいかなかったので、調べてみた。ほかにもしんせつなひとのブログで同じトラブルの解決策を紹介しているが、一応、記録しておこうとおもう。ちなみに、私は初心者。 1. http://cran.r-proje…

トランスポゾンではなく、loop outした領域が環状になって移動し、他の染色体に入り込むという事があるらしい。 （サイエンスの記事） この発見はウシのKIT遺伝子を含む領域が、系統によって異なる染色体にのっているということに気づいたポスドクによる物ら…

いつも日曜の朝はぼうっとした頭で 田勢さんと大江アナと猫の素敵な番組を見ている。 なんとは無しに見ていても、考えさせられることの多い番組だが 今週の最後に紹介されていた長田弘という人の 詩が秀逸だった。 死者の贈り物という詩集に載っているらしい…

Science Newsより。 新しい温度測定の技術をもちいてオルドビス末期の大量絶滅の原因が急激な氷河期と温暖化であったらしい事が示された。これまでの温度測定が生物化石中の酸素の同位体比を用いているのに対して、今回の解析に用いられた方法は酸素とそれに…

Gene conversionのしくみ ①DSBR(Double strand break repair) model (図中a-b-d) １.DSB(Double strand break)ができるDSBのできる要因  Meiosisではtopoisomerase like enzyme(SPO11)が関与  Mitosisではradiation(放射線照射), 停止した複製フォーク、あ…

Warnecke T, Hurst LD (2010) GroEL dependency affects codon usage—support for a critical role of misfolding in gene evolution. Mol Syst Biol 6: 340真正細菌のシャペロニン（GroEL)はタンパク質が正しくフォールディングするように助ける。大腸菌に…

Mammal study 35: 139-144 (2010) 探索行動と様々な形質の相関をラボマウスで調べた結果、雄では出生時体重が大きいほど探索行動が激しく（探索行動の距離）、雌では大きいほど少ない（探索行動の頻度）ことがわかった。 探索行動のしやすさが、分散につなが…

サイエンスの記事 Genetic Evidence for High-Altitude Adaptation in Tibet チベット人は高い山地に暮らしているので低酸素状態に適応している。チベット人に近い日本人や中国人は高所に行くとがんばって酸素を運ぼうとしてヘモグロビン濃度が上がるのだが…

まだ論文を読んでいないのだが。ネアンデルタール人と現代人との交雑の証拠が見つかったそうです。やっぱり、ね。とか。交雑派万歳。よかったねテンプレトンさん。 でもどこまではっきりとした証拠なのか、気が向いたら読んでみようとおもう。 もし交雑して…

サイエンスの記事。元ネタはBiology letter。 http://news.sciencemag.org/sciencenow/2010/04/clever-crows-complex-cognition.html?etocニューカレドニアカラスはとっても賢い。 バラバラに覚えた各種の行動を正しい順序で組み合わせて、目的（えさ食べる…

別件でちょこっと論文検索をしたら、気になったので備忘録に。Defining and mapping mammalian coat pattern genes: multiple genomic regions implicated in domestic cat stripes and spots Eduardo Eizirik et al. 2010ネコの模様のパターンを決める遺伝…

分子進化を考える上でDNApolymeraseのFidelityや構造は重要だろう。特に今はインデルの起きる仕組みについて知りたい。 ・エラーの起きる率は酵素のクラスによってちがう。（校正のためのエキソヌクレアーゼ活性に応じて）(Family A, B, C : 10^-6~8) ・水を…

Scienceの記事 恐竜と鳥類はジュラ紀の後期、約1億5千万年前に分かれたとされている。これまで、羽の生えた恐竜と最古の“鳥”とされるArcheopteryxとの間には6千3百万年という開きがあったが、最近新たに中国の新疆で見つかった鳥っぽい化石はこの間を埋める…

どちらが正しいのだろう？１、中立説によれば同義置換速度は選択の影響を受けないのでどんな系統間で同じである。そう仮定して非同義痴漢速度を比べれば、どの系統で非同義置換速度が早いとか遅いとかを判断できる。ところが、実際には2配列間の分岐年代を知…

コウモリの音響定位を妨害して身を守る蛾がみつかったらしい。 自ら音を出してコウモリの音波を妨害するとのこと。 ヒトリガのなかまで音を出すものは知られていたけれど、実際にその妨害効果が確認されたのは今回がはじめてらしい。蛾もなかなかやるじゃな…

If you always put limit on everything you do, physical or anything else, it will spread into your work and into your life. There are no limits. There are only plateaus, and you must not stay there, you must go beyond them. −Bruce Lee−とは…

遅くなりましたが。。 集団分岐におけるモデル Isolation model 祖先集団が二つの集団に分かれるとする。派生集団の間ではMigrationは起こらない。 ４つのパラメータであらわせる θA 祖先集団の多型性 θ1 派生集団１の多型性 θ2 派生集団２の多型性 T 集団の…

１、Recent species and population divergences 分子データに基づく分岐年代推定に伴う問題と要因 まずよく知られているGene treeとSpecies treeの相違があげられる。（Incomplete lineage sortingによる）たとえGene treeとSpecies treeが一致しても、両者…

俺は自分でも呆れるほどバカなことをたくさん言ってきた。 だがその瞬間の俺を理解することは出来ない。 自分の考えたことやいったことで自分を罰することなどできないんだ。 ――映画「その男ヴァンダム」オフィシャルサイトより――

結構メジャーなのかもしれませんが。。 PNASにツパイが飲酒する習慣を持っているという論文が載ってちょっと前に話題になっていたみたい。Pentailed treeshrewというやつで日本語では「ハネオツパイ」というらしい。羽オッパイじゃありません。 （Chronic in…

知らなかったのだが一昨年にネアンデルタール人のMc1rに関する論文が出ていたみたい。 http://www.afpbb.com/article/environment-science-it/science-technology/2303165/2283244 たくさんニュースやブログがあるが間違いが多いので論文を読んでみた。 要点…